El Artículo 19 del Reglamento Interno de la COEPES establece las siguientes Comisiones de Trabajo.
- Comisión de Oferta y Demanda.
- Comisión de Vinculación.
- Comisión de Evaluación y Seguimiento.
- Comisión de Fomento a la Calidad de la Educación Superior.